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认为刘辩轻薄无威仪，不可以作为嗣君，然而因宠爱何氏，何氏的哥哥大将军何进又掌握重权，所以迟迟不决。
中平六年（189年）汉灵帝病重，嘱咐宦官蹇硕拥立刘协为帝。四月，汉灵帝去世，蹇硕图谋诛杀何进，拥立刘协，然而计划失败，何太后之子刘辩得以即位，尊母亲何氏为皇太后，并由何氏临朝听政。[12]何太后临朝後，以兄长大将军何进与太傅袁隗共同辅政。
何太后之子刘辩虽即位为帝，但担任上军校尉的宦官蹇硕认为他轻佻不德，何进兄弟好修虚名，并无股肱之才，担心他们不能安定社稷，因此再度筹谋诛杀何进，废黜刘辩，改立刘协为帝。蹇硕写信给中常侍赵忠丶宋典等人说：“大将军何进兄弟控制朝政，独断专行，图谋消灭我们。只因我蹇硕统率禁军，所以暂且迟疑。现在我要除私仇，以辅公家，我们应尽快捕杀何进。”但中常侍郭胜是何氏的人，与赵忠等人商议后，拒绝蹇硕的提议，还把蹇硕的信送给何进看。何进便引诱诸常侍共同诛杀蹇硕。四月庚午日（5月27日），何进指使黄门令逮捕蹇硕，将他下狱处死[45]，从而吞并蹇硕手中兵力，进而控制了禁省以外的皇宫和京师驻军。
起初，董太后曾多次劝说汉灵帝立刘协为太子，何氏因此怨恨她，提议没有来得及商定下来，汉灵帝便去世了。
何氏临朝听政后，董太后的侄子骠骑将军董重与何进权势相冲突，董太后每次想参与干涉政事，何氏就禁止阻拦。董太后忿恨地责骂道：“你现在这麽强横跋扈，依仗你哥哥的权势吗？应当敕令骠骑将军董重斩断何进的头拿来。”何太后听到此话后，就告诉何进。何进与三公以及其弟车骑将军何苗等上奏：“董太后指使前中常侍夏恽丶永乐太仆封諝等人交结州郡，垄断各地的珍宝财货，全部送进永乐宫。根据过去的惯例藩王之後不得留住京城，舆车服饰有一定的规章可循，饮食有一定的品级可依。请把董太后的宫室迁回她本来的封国去。”何氏以皇帝刘辩名义同意。
何进於是派兵包围骠骑将军董重的府邸，拘捕董重，董重免官自杀。董太后最终因忧虑恐惧而暴崩（一说被何皇后逼令自杀）[37]，民间百姓都将此事归罪於何氏。
光熹元年（189年），大将军何进想要诛除宦官，但告诉何太后时，何太后明确反对，称：“中官统领禁省，自古及今，汉家故事，不可废也。且先帝新弃天下，我奈何楚楚与士人对共事乎？”
何太后的母亲舞阳君与弟弟何苗等接受宦官的贿赂，多次在何太後面前替宦官求情，并指责何进“专杀左右，擅权以弱社稷”，於是何太后也开始怀疑何进，何进也畏惧宦官积威，导致“事久不决”。
学者认为，何太后之所以坚定地拒绝把宦官作为牺牲品，就她而言，不是利他主义，而是她希望保持与皇帝完全一样的政治自由，这样做是冷酷的需要。何太后要的还不只是政治的自由，还有政治权力。