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亚安定了后向新上任的法王路易十一控诉此事，可没想到帝国一方寸步不让，其外务总管乔治亚·马纳更是表示这里就是片人烟稀少的破岛，让给罗马人又有何不可。
在自己的外交人员在应付阿拉贡一方时，深知马耳他归属此刻不由阿拉贡而是法兰西决定的曼努埃尔三世开始暗中跟法王展开交涉。而日后将被称为“万能蜘蛛”的路易十一也明白，比起恢复国力后在意大利问题上摇摆不定的阿拉贡，跟自己地缘上缺乏冲突的罗马帝国才是更佳盟友。
于是在罗马人许诺加大对法兰西在意大利的支持后，阿拉贡被卖掉了。
1462年9月，在多次谈判后，路易十一劝说胡安二世以3万斯特伦玛金币为价将马耳他卖给东罗马，同时罗马帝国也有义务帮助胡安维护在西西里岛的统治，以及加大对意大利事务的投入。对此，曼努埃尔表示全盘接受，但购岛款要分期支付。
此事阿拉贡也是应允了。尽管许多包括教廷在内的部分意大利邦国对此表示抗议，但曼努埃尔终于还是带领帝国回到了他心心念念的意大利，虽然只有几个岛。
1462年年底，终于在意大利立稳足跟的曼努埃尔在晨曦时分登上了瓦莱塔港港口，沐浴着咸湿而有些冰凉的海风——
“好了，这样一来我们罗马帝国又有意大利了。”站在港口边上，身着奢华的达尔马提卡礼服的他脸上露出欣慰的笑容。
与此同时，那不勒斯那边终于有了分出胜负的迹象了——
1462年仲夏，安茹派的雇佣军将领皮奇尼诺在阿普利亚击败米兰的斯福尔扎；
1462年年底，斯坎徳培与梅希亚斯二人率领法兰西-东罗马联军在卡普阿大败意大利联军；
1463年，双方僵持不下，但热那亚开始爆发反对法兰西王国的暴乱；
1464年年初，那不勒斯王国主力在坎帕尼亚被梅希亚斯率领的5千罗马军击溃，斐迪南一世出逃那波利；
1464年4月，热那亚共和国秘密迎接米兰公爵斯福尔扎的密谋暴露，法兰西军主力被迫北上以平定热那亚的动乱；
1464年12月，试图反击的意大利联军在萨伦托被罗马-普罗旺斯联军击退；
1465年年初，法兰西诸侯组建公益同盟以针对强势进行中央集权的法王路易十一，“好王”勒内与路易十一脆弱的同盟瓦解；
同年2月，残余的法兰西军队撤出南意大利；
同年6月，罗马帝国与意大利诸邦签署和约，以后者承认帝国在马耳他的权益为条件退出战争；
同年7月，为了维护在法兰西本土的领地，勒内与其子约翰二世签约，以保留宣称为前提退出南意大利；
自此，意大利方面稀里糊涂地取得了这场意大利战争的胜利。