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骑兵就补充上来，继续作战。直到他们也一批批的倒下，只剩前哨轻骑兵这一支可做补充队伍了。如果他们也被战胜，那些蛮族将接近马其顿的国王，结束战争。此时在中央，科多曼努斯派出了刀轮战车和战象，企图碾压呈阶梯形进攻的马其顿方阵；虽然阿格里安的标枪手将一些战车的驾驶者击落，但大部分的战车没有遭到拦截，疯狂地冲向中央方阵，方阵指挥者立即下令向右整体行进，避开躲让，打算让那些战车畅通无阻地进入己方的“环形”数组之中，把他们交给后方部队解决；但这却让左翼和中部之间出现了一个明显的缺口，敌人的骑兵见机毫无阻碍的趁虚而入，大量的波斯人越过马其顿后方的第二道部队，直接杀到了他们联军的营地，打算救出皇帝的母亲；那些在营地里被亚历山大俘虏的士兵也开始躁动起来，趁着马其顿人的颓势，里应外合，开始攻击大营内的辎重部队。在左翼，波斯人和印度人组成的骑兵完全的压制住了帕曼纽和克拉特鲁斯的队伍，色萨利的骑兵虽奋力反抗，但也无济于事，他们即将全军覆没。所有的战线都出了问题。那时，亚历山大已经快要接近战场的边缘，就是那未被波斯人清除杂草和夷为平地的地面，他的身后是两军激烈搏杀的声音；他回过头去，因为敌人的骑兵扬起的沙尘，遮蔽他的视线，让他难以做出进一步的决定。这时一道强光划过天际，伴随一声巨响，亚历山大从马上跌落到地面。他的眼睛被晃的看不清东西，头盔也掉落在地上，目眩耳鸣，不知多久。等他再睁开眼睛的时候，已经看到身后不再有任何追他的敌军，灰尘也落在地面，视线变得清晰明朗。那些前哨轻骑兵把他们的国王从地上扶起来，问道：“陛下。发生什么了？”“你们看到了吗？”“那光点，还有那奇怪的声音！”“没有啊，您刚才昏过去了……但我们战胜了他们，那些野蛮人，他们跑了！陛下，他们跑了！”“这怎么可能？”亚历山大抬起头，望向远处，那些骑兵确实都已消失不见了。他看到整个阿契美尼德军队的左翼因为追赶他和伙友骑兵，中央已被扯开了一个缺口。于是他立即上马，调转折回，策马扬鞭，向着皇帝的位置袭去。他孤身一人向前冲去，身后那些为数不多的轻骑兵无法跟上他的步伐；因为他那显眼的头盔找不到了，所以敌人并未认出他来，这让他能够最大程度的被周围的人忽视，单枪匹马，长驱直入。不久后，亚历山大已非常接近科多曼努斯，直到那时，保卫皇帝的不朽者军团才意识到这一骑骑兵是一个威胁，并准备上前攻击。只见亚历山大从地上拔起一支标枪，向皇帝扔去。科多曼努斯急忙躲闪，标枪击中战车的驾驶员，使他倒地身亡。不朽者当中有人惊呼和哀鸣，让稍远的步兵团以为是皇帝本人中枪，于是立刻开始溃逃；接着，一小群又一小群的波斯人开始竞相逃跑，很快整个大军风声鹤唳，直至科多曼努斯周围的人也都离去。当他发现自己周围已无人保护，孤立无援，便立即调转战车，驶向远方。亚历山大怒喊着仇人的名字继续追赶科多曼努斯，直到身后的人叫住了他。让他不要远离战场，因为马其顿的左翼和后方都已被敌人攻破，需要他赶去救援。亚历山大望着科多曼努斯落魄的背影，突然好像释怀一般平静地闭上双眼，放走了他。他掉头赶回左翼帕曼纽处的时候，阿契美尼德人听说自己的国王已经逃跑，便纷纷失去了战斗的意志，丢盔弃甲，四散而逃。从那一刻起，整个美索不达米亚的腹地，向亚历山大敞开。
亚历山大大帝进入阿契美尼德的行政首都巴比伦，他惊叹于这座城市的恢弘壮丽。他并没有称王，也没有宣布这个帝国的终结。他甚至把科多曼努斯的家眷接回皇宫，并要求他的将士们继续对太后西绪甘碧丝和公主帕瑞萨娣丝行波斯人的拜礼（Proskynesis）；他入乡随俗，穿戴波斯人的服侍，学习波斯人的文化，他克制自己的言行，让自己的举止像一个客人而不是主人。西绪甘碧丝与他相处的十分和睦，便收他为自己的义子。他不要求任何人以波斯国王的礼仪向他叩拜，也禁止他军队中的将领和士兵在这片土地上行暴虐和破坏。当他看到那座巨大且早已被遗弃的古老庙宇——埃特曼安吉的时候，他惊诧地说道：“啊！什么样的文明能孕育出这样的奇迹啊！”并立即下令修复（或重建）它。他保护巴比伦的每一样艺术品、雕塑和碑刻，严惩破坏和偷盗它们的人。亚历山大如饥似渴地学习和了解波斯人的宗教、神话和历史，那些马其顿的将军们经常找不到他们的国王在什么地方，因为他终日泡在皇家的图书馆翻阅数据，或是在向祆教的祭司们请教问题，或是在与史官和学士们研讨哲学。亚历山大早已忘却继续追杀还在逃亡的科多曼努斯的事宜。亚历山大询问祆教学者：“那雄伟的埃特曼安吉神庙建于什么时候？供奉的是什么神明？”“陛下，那座神庙建于很久远以前的时代，恐怕要有几千年了……具体什么时候没有人能够考证，因为