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河南江苏在崇祯十三年到十七年间也多次出现大疫。北京附近，崇祯十三年，顺德府、河间府有大疫。崇祯十六年，通州、昌平州、保定府均有大疫，并且传入北京，明史云：“京师大疫，自二月至九月。”和山西的情况一样，在初次流行的第二年，也就是崇祯十七年，北京大疫进入高峰，高峰期正是三、四月间。
这个横行华北的大疫究竟是什么？“东死鼠、西死鼠，人见死鼠如见虎”，是人类历史上最重要的烈性传染病：鼠疫。当时人们不知道传播途径，因为每次流行都见到??。250年后，日本人北里柴三郎和法国人耶尔森从香港鼠疫病人身上分离出一种杆菌，证明这种杆菌是鼠疫的病源，人们才开始对鼠疫有了认识，并且找到了防止手段。可是在1644年，面对鼠疫，人们只能束手待毙。
历史上最有名的鼠疫流行是十四世纪消灭了欧洲将近一半人口的黑死病。黑死病是通过跳蚤的叮咬在耗子之间、耗子和人之间传播的。其发病很快，死亡率极高。但这种病初发地要高温潮湿，象地中海边的意大利。同时卫生条件要很差，跳蚤老鼠到处都是。华北在明代虽然卫生环境不怎么样，可是气候干燥有冬季，不适合跳蚤大规模繁殖，为什么也流行鼠疫？和黑死病不同，在华北流行的鼠疫潜伏期长，死亡率没那么高，身上没有黑斑，往往有出血现象，以致迄今还有人认为不是鼠疫。
这个问题在20世纪初东北鼠疫大流行时由一代名医伍连德找到答案，证明鼠疫有两种。引起黑死病的是腺鼠疫，通过跳蚤传播。在中国北方流行的是肺鼠疫，通过呼吸道传播，有效预防的方式是戴口罩。口罩口罩，1644年人们哪里知道何为口罩。直到359个春天以后，北京才做到全城口罩，这一次是萨斯，也是经呼吸道传播的烈性传染病，高发期也是春天。
这也证明了，北京春天干燥的气候适合呼吸道传播的病源生存，使它们在离开人体后能存活一段时间。流感如此，萨斯如此，鼠疫也如此。当李自成兵临城下的时候，北京城里鼠疫正好是突然爆发的关键时刻。联想一下萨斯在北京时，那种恐慌的情况，如果有敌人，怎么能守得住？三个城垛一个兵，北京才有多少城垛？三大营再虚额，十分之一也会有吧。“鞭一人起，一人复卧如故”，这难道是人心涣散？杀一警百不就行了，李自成部素来凶残，难道大家情愿受死？是因为鼠疫流行，感染以后身体虚弱，无能为力。
北京人满为患，正好利于鼠疫流行。鼠疫在生活环境差的百姓和士兵中间流行，官僚家庭受波及很小，所以在深宫里的崇祯不知道，在城外的李自成也不知道，这才有议和的故事。等到李自成想惩罚性地攻一下城，没等开始，守城的别纷纷献城。这是因为大家都知道守不了。如果没有鼠疫，再不济事，靠着大炮和坚固的城防，怎么说也能坚持几天吧？
李自成就这样连自己都不敢相信地轻易地进了北京，同时连自己都不敢相信地发现他梦里繁华的京城现在如同鬼域。
不管是不是鬼城，进了京的没有人肯退出去。李自成在西安已经立国了，这么轻易地进北京，不登基等什么那？于是大顺的精兵良将就在北京住下了，不是住兵营就是住民居，降卒也要收编，无数的密切接触机会。鼠疫便开始在这些外地人中间流行开了。四十一日迅速丧失战斗力，不是北京的花花世界，而是满城的咳咳细菌。
既然已经拿下京城，为什么那么急向官员们追缴，难道不知道稳定人心的重要性？可是李自成没有办法，宫里空荡荡，老百姓贫病交迫，只有官员有油水，万一哪天瘟疫扛不住了得赶紧撩脚丫子。其实这并不是李自成所部一家所为，古来叛军入城，都是烧杀奸淫掠夺，以已经被丑化了的历史记载来看，李自成算是文明的，多少次王公贵族被屠杀的，也没听说那么快就丢了到手京城的。
李自成讨伐吴三桂，人数为什么争议很大，就是因为瘟疫流行，减员严重。可是为何在山海关前李自成一度占优？这还要说说肺鼠疫，这类鼠疫的潜伏期可以长到20多天，也就是感染了20多天才发病。这种长潜伏期的烈性传染病流行面广，因为未发病时和正常人一样，可以继续感染别人。李自成带到山海关前的部队，正是剩下的还未发病的那部分人，战斗力还在。这批人在山海关战死了一部分，逃回来的也陆续发病，于是李自成手下全是鼠疫病人，即便是痊愈的也非常虚弱，能跑路就不错了。这就是为什么李自成从山海关下来，不能守北京，离开北京也连战连败。一路退一路把鼠疫流行过去，“凡贼所经地方皆大疫，不经者不疫”。各地留守的部队也染上鼠疫，于是弃山西弃西安最后败死九宫山。那支无敌的雄师被鼠疫消灭了，联合南明时已经是乌合之众。
历史上瘟疫造成大军死亡几成的记载比比皆是，行军打仗，最怕瘟疫。李鸿章便深有体会，考察西洋军事最大的