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在张四维的指挥下，不仅是对于在太原的涉案军官，对于那些牵涉其中的地方豪强和袒护他们的地方官员，张四维也一并予以捕拿，当然张阁老也不是什么善男信女，趁机也将一些平时和他们张家还有王家、杨家作对的家族给趁机收拾了，对于这些事情，锦衣亲军的奏报中也有提及，朱载坖也并没有干涉，这些事情，都是很正常的事情。
不过朱载坖命令此案涉案人员和财物都要押解到京师来处理，张四维虽然是钦差，但是并没有处理这些这些涉案财物的权力，同时和大明所有的商人地主一样，这些晋商不仅储积了大量的银两，还有庞大的土地，怎么处置这些土地，是个非常严肃的问题。
按照朝廷一贯的处理办法，这些土地都是没为官田的，但是朱载坖很清楚，一旦变成官田，久而久之，各级的地方官员和豪强们勾结起来，最后的结果就是将这些所谓的官田给私分霸占掉，朱载坖当了这么多年皇帝，这点还是很清楚的，这次起获的土地加上上次盗银案起获的土地，数量已经是非常之多了，怎么处理这些土地，是个很严肃的问题。
朱载坖为此事召集了阁部重臣们商量，现在这么多的土地，要如何处理是个问题，朝廷也不是完全没有经验，这些土地，朝廷一般的处理办法就是要么将其变卖，要么就是将其当作官田租佃给百姓耕种，不过这两个方案都被朱载坖给否决了，朱载坖不同意这两种办法。
原因也很简单，所谓官府发卖，最后还不是讲这些土地落到当地的豪强手中，至于所谓的没为官田找人租佃，最后也会沦为地方官府和豪强们蛋糕，这点朱载坖是非常清楚的，所以朱载坖准备变更处理的办法。
朱载坖这个召集阁部重臣们，就是为了商量此事，这些土地，掌握在朝廷的手中，应该怎么分配，是个问题。对于怎么处置这些土地，重臣们有不同的意见，海瑞等人认为，应该将他们分配给现在耕种这些土地的百姓们，这样看似朝廷吃亏了，但是可以增加自耕农的数量，可以扩大朝廷的税源。
但是李春芳等人坚决反对这么做，原因很简单，就是朝廷无偿的将土地分给这些百姓耕种，于理不合，这会使得其他百姓产生怨望的情绪，甚至会引发民变的。
朱载坖也认为不能无偿的将这些土地分给百姓耕种，但是可以分期付款嘛，朱载坖认为，将这些土地作价卖给现在正在耕种这些土地的百姓，同时允许百姓分期向官府偿还土地的价款，从五年到十年不等，不收取利息，朱载坖和重臣们都很清楚，大明的田赋现在还是朝廷财政一个重要的部分。
而大家都很清楚，对于朝廷来说，赋税主要是落在自耕农的身上，自耕农越多，朝廷的赋税就越稳定，所以对于朝廷来说，创造更多的自耕农是稳定朝廷的一个重要措施，朱载坖和在场的重臣们都很清楚土地兼并的结果是什么，所以朱载坖从一即位以来，对于地方豪强就采取的是严厉打击的态度。
除了这些被罚没的土地之外，朱载坖还盯上了军屯，和直隶一样，山西也是朝廷重点重点驻防的地方，朝廷在山西设置了山西都司和山西行都司，下面有大量的卫所，卫所中也有非常多的军屯土地，一说到整理军屯，重臣们都有些紧张起来，当然刘瑾为什么事败，最后不就是因为整理军屯而导致安化王叛乱的吗。
所以对于军屯，重臣们一向都是十分谨慎的，因为这涉及到卫所军官的切身利益，可以说整个山西都司的军官们从上到下都和此事脱不了干系，朱载坖要动军屯，绝对是可能整出大事的，大臣们都劝朱载坖慎重，但是朱载坖很清楚，军屯的问题是必须解决的，如果不解决的话迟早是要出大事的。
而且相比于直隶，山西也是卫所众多的地方，而且在山西，即便是出了什么事情，朝廷也好处理，而且朱载坖也很清楚，将这些土地再收回是不太现实的，唯一的办法就是承认产权，免征籽粒，征收田赋，同时家中有人在军中的服役的，免征五十亩的田赋，通过这种手段，优待士卒们。
同时现在这些被隐没的军屯土地予以清丈出来，缴纳赋税，但是朝廷发给地契，承认土地的所有权，同时将现存的军屯也都优先分给这些在军中的士卒的家属，实行军屯民田部分科则征收田赋，降低军户们的分担，将原本由军户承担的籽粒、军器制造等一系列的负担都予以免除，将军户解放出来。
同时，朱载坖还准备调整这些卫所的设置，现在卫所的问题就是军士的逃亡和军余子弟的安置问题，对于军士的逃亡，朱载坖认为要增加军士的待遇，还有就是区分脱产的军士和屯田的军士，将脱产的军士和屯田军士分开，培养职业军队。
同时对于军余子弟，可以优先招募进入朝廷的各种工场中学习技术，将他们组织起来在边疆地区新设立卫所，加强朝廷对于这些地方的控制，朱载坖的意思是仿照东晋的侨州郡县制度，将一卫或者一个都司的军余子弟组织起来，到朝廷新收复的这些地方去屯垦戍边，不管开垦出多少土地，都属于士卒个人所有，朝廷提供耕牛、农具等物资，十年免征。
同时从这些军余子弟中招募士卒，在卫所兴办卫学，卫所子弟可以从卫学一路向国子武学考试，成为大明的军官，这样的话，能够尽可能的保留卫所的优点而避免卫所的缺陷，朱载坖要求各部院大臣们商量一下应该怎么处理，同时对于这些参与走私的官员、商人，照律以通虏的罪名严惩。
除此之外，朱载坖要下旨在张四维，要求他整顿宣大山西等处的军储，查看军储虚实。