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对于朱载坖来说，水利和道路桥梁确实是非常重要的事情，不过侧重点不同，现在徐州的利国监重新开始炼铁，相应的水泥等工场也已经开始兴修了，朝廷的南直等处也拥有了大型的重工业基地了，随着新的考成则例颁布，道路的营建，水利的兴修都被列入这些官员的考成中，尤其是朝廷要求营建常平仓和备荒仓的诏书下达之后，各地的官员们都纷纷要求在本地兴修常平仓和备荒仓。
考虑到朝廷的财力和地方的实际情况，朱载坖决定分门别类的采取措施，九边还有陕西、河南、山西、辽东等处的常平仓、备荒仓还有京通仓等，由朝廷拨款修筑，而其他地方的常平仓、备荒仓由地方筹措经费，朝廷予以补助的形式兴工。
水利设施也是如此，在东南富庶地方，朝廷、地方、民间三方共同出资，兴修水利，而在黄河、淮河沿线，河南、北直隶、湖广等省份，由朝廷拨款兴修水利，朱载坖为什么单独将这几个省份列出来由朝廷兴工，直隶、河南是由于本身相对经济较差，地方官府没有足够的钱粮来兴修水利，必须由朝廷拨款来兴修水利。
同时这几个地方都是受水旱灾害影响较大的地方，朝廷必须投入资金，以预防水旱灾害，减少可能出现的流民，而对于湖广的水利投入则是为了未雨绸缪，保证大明的粮食供应，虽然现在大明从暹罗、缅甸等处可以获得大量的廉价粮食，但是朱载坖很清楚，湖广作为大明未来的粮仓，地位是非常重要的。
原本不管是大明还是朝廷，都依赖东南的粮食，即所谓的苏常熟，天下足，但是现在已经发生了变化，江南地区农业经济发生了结构性改变，粮食种植不再占据绝大部分，棉、桑之种植与经营逐渐占据更大的比例，使得该地区的粮食耕种面积亦大大缩水。用于种植棉花之土地增多，也推动了棉纺织业、丝织业之迅猛发展。
但是朱载坖很清楚，粮食的重要性，而肥沃的江汉平原就是大明的新粮仓，湖广地区亦坐拥长江运输之便利，输送无碍，但是朝廷要想使得江汉平原成为大明的粮仓，就必须大兴水利，保障湖广的农业生产，同时排除湖广农业生产中的各种不利因素，所以朱载坖专门向湖广投入巨资，兴修水利。
道路也是一样的，朝廷必须有所轻重，现在对于朝廷来说，重要的道路主要是几条，第一是通往九边各镇的道路，从京师经三屯营、蓟州、遵化到辽东的道路，还有就是从京师经蓟镇到大宁镇的道路，辽东镇到大宁镇的道路，京师到宣府、山西、大同等镇的道路。
还有京师到郑州然后往西安再向三边去的道路，这些都是朝廷立即要办，重点要修筑的道路，除此之外，还有与运河平行的道路，就是从京师经北直隶、山东然后一直到南直隶徐州、淮安、扬州的道路，这也是非常重要的，除了道路之外，重要的就是桥梁的，对于陆路交通而言，桥梁是最关键的节点，所以朱载坖准备大修桥梁，以加强整个大明的道路交通，提高朝廷对于地方掌控能力。
而东南水运更加便利，所以可以暂时不急，把重点放在九边和河南、山东、北直隶以及南直隶的徐州、淮安、扬州三府。
对于户部的预算，朱载坖基本上予以同意，批准了相关的预算，要求相应的工程尽快开工。
而到了开衙之后，朱载坖最关心的事情就是对倭国的用兵了，因为现在倭国的局势瞬息万变，朱载坖担心失去这个机会，所以一开衙，朱载坖就命令理藩院传令朝鲜，在釜山等港口兴建仓库，用以囤积大明官军的辎重粮秣，同时北洋水师也准备和王直的船队配合，夺取对马海峡的制海权，打通从天津经辽东、朝鲜对马海峡到倭国越后的航路。
同时提前侦查一下佐渡岛上的情况，为大明官军的行动侦查情报。而对于吴惟忠、李如松两人的具体名号，朱载坖也和群臣们商量了多次，一开始朱载坖原本准备给征倭大将军印信，但是遭到了重臣的一致反对，一来是大将军乃是重号，一向不轻授，大明有大将军名号的，正常也就是征虏大将军，征倭用大将军显然有些言过其实了，说白了，就是群臣们认为，倭国配不上。
还有其他的原因就是大明只是驻军越后，要是用征倭名号的话，未免有些打草惊蛇了，而且吴惟忠的资历也远远够不上大将军的资格，所以征倭大将军和征倭将军都不可行。
李春芳认为干脆叫镇东将军比较好，四征四镇都是将军重号，而镇更加倾向于防御，可以麻痹倭国，但是朱载坖不想用镇，朱载坖更倾向于用征东将军，明白震慑倭人，所以经过朱载坖和重臣们的一番拉锯之后，朱载坖下诏，任命吴惟忠为右军都督府都督同知、征东将军、提督备倭水陆军务事，任命李如松为右军都督府都督佥事、征东前锋将军、备倭总兵官，认为陈璘为右军都督府都督佥事、伏波将军、提督北洋水师兼备倭水师总兵官。
诏书下达之后，朱载坖命令礼部铸给印信，同时升蒋洲为锦衣亲军指挥佥事署征东副将军参赞机务，赞画军机，曹国公世子李言恭升锦衣亲军指挥同知，征东副将军参赞机务、赞画军机，赐征东将军吴惟忠天子剑。
而李春芳则认为照惯例应该派遣文官监军，同时推荐兵部左侍郎提督海关总署徐渭，朱载坖也认为徐渭确实合适，但是徐渭已经五十七岁了，年纪不小，但是没有想到第二天徐渭就主动上疏请求赴倭国。
朱载坖于是下诏，升徐渭为兵部尚书兼右都御史，经略朝鲜倭国等处军务事，持节假节钺赐王命旗牌。