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1936年8月入学，南京陷落之前，随军校从南京经江西、湖北辗转至四川铜梁继续学习，1938年9月共计有1412人毕业。至此黄埔军校在南京时期举办第613期，一共八期，此外广州、洛阳、南昌、成都、武汉、昆明等地还设有分校军事训练班。
军校在南京时期还成立过中央陆军军官学校教导总队。由于蒋介石对黄埔军校的青睐，所以国民党军队的最先进的战术训练，最先进的武器装备都是在中央军校首先来试验的。军校教导总队仿效当年黄埔教导团，在德**事顾问的指导下于1931年1月开始组建，1935年正式成为国民党部队的正式战斗部队，中央军校教导总队1937年参加了淞沪会战，在保家卫国抗击日寇侵略的战场上打出了当年黄埔军校教导团的那股骁勇的气势。
军校在西迁四川期间，第1113期先后提前毕业，所以在迁校的途中又招收了第14期、第15期和第16期新生。1938年11月中央军校迁至四川成都，把位于北较场的成都分校作为军校的新校址，不久蒋介石发布命令将成都分校并入中央军校本部，从此黄埔军校开始了历史上的成都时期，校务委员又增加了程潜、刘湘、白崇禧、陈诚、邓锡侯五人。军校成都时期招收第1423期学生共31500多人，其中第22期时越南和朝鲜还保送了一大批学生来校学习，此外军校还委托其他有关学校代为培养了10000多名学生；教育方式也有了重大变化，主要是为了适应当时抗战的形势，修业期限分为了长期和短期两种，同时实行甲乙丙三级教育体制，教学上也注重了理论和实践的结合。
在整个抗日战争时期，军校所设立的其他分校在动荡之中继续开办，李明灏、杜建时、胡宗南、甘丽初、钟彬、宋希濂等相继主持分校的工作。洛阳分校，1940年成立，1945年停办；迪化(乌鲁木齐）分校，即第九分校，成立于1943年,1945年停办。军校成都时期还设立了军官教导总队、战术研究班、高等教育班、校尉官研究班等，使军校的教育体系更加充实，在此期间蒋介石仍然兼任校长一职，陈继承、万耀煌等先后担任教育长，实际主持军校的日常工作。
1946年1月，中央陆军军官学校改名为“陆军军官学校”，蒋介石兼任校长，万耀煌任教育长，不久教育长一职由黄埔1期毕业生关麟征接任。1947年7月，担任了23年军校校长的蒋介石宣布不再兼任校长，关麟征于是升任校长一职，这是黄埔毕业生第一次担任军校校长这一要职，在此期间军校共招收了两期学生即第22期和第23期，第24期刚刚招生入伍全国就已经解放了，在黄埔22期学生中黄幸强后来任台“陆军总司令”、罗本立任台“三军大学校长”、曹思齐任台“陆军参谋长”、王多智任台“陆军副总司令”。
1949年9月12日，时任国民党总裁的蒋介石乘“中美号”专机抵达成都，随即进驻军校黄埔楼。蒋介石此行是为了对军官学校的领导人进行大调整的。关麟征校长晋升陆军总司令，校长一职由黄埔1期毕业生原南京卫戍司令张耀明接任；军校教育长仍然由吴允周担任；军校训导处长由黄埔4期毕业的吴起舞担任。而此时的陆军军官学校尚有师生近14000人，军校领导机构还有5处11科和《黄埔日报》社。军校除军官训练班、军官教导总队、游击训练班之外，在校的黄埔23期学生有3个总队共3452人；黄埔24期招生入伍了约1120人，编成了一个学生总队，黄埔5期毕业生徐幼常任总队长。
1949年底，我人民解放军第二野战军以及第一野战军18兵团在刘伯承、邓小*平、贺龙、周士第等指挥下以“大迂回”的战略战术席卷大西南。12月，人民解放军已经完成了对成都及其周围地区的战略包围，在山穷水尽之际，军校校长张耀明、教育长吴允周、副官处长吴丽川等先后逃往台湾；在我地下党员的极力争取之下，李永中、吴起舞、徐幼常、肖平波等率领军校师生10000多人举行起义，这批起义师生后来相继被分配到了人民解放军西南军区各部队或地方政府部门，许多优秀的师生后来还加入了中国**。至此孙中山先生当年创办的为了救中国、为了救中国人民的“黄埔军校”最终又从国民党反动派手中回到了人民的怀抱。从此黄埔军校永远结束了它在中国大陆办学的历史!
蒋介石败退至台湾以后于1950年8月在台湾高雄的凤山以原来的第四军官训练班等先后担任过校长一职，现任校长是杨国强中将。军校的副校长、政战主任、各系系主任以及各所长军衔均为少将，也是由军队现役军官担任。
黄埔赤子心，国家民族情……
1986年6月16日，黄埔军校同学会在北京正式成立，黄埔1期生徐向前元帅担任会长，聂荣臻元帅和全国人大副委员长许德珩任顾问，此后黄埔1