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到我们担心士兵哗变和逃亡的问题了。”
贝斯哈特少将的话没能立即说服满心忧虑的长间晋三。神识组织的真实目的对于其盟友而言是未知的，源质基因公司仍要用常理意义上关乎合众国切身利益的高明话术包装其险恶用心并将其用于游说白宫和国会大厦。纵使源质基因公司已经自食其果，当初在神识组织的怂恿下不惜下达一系列突破底线之命令的白宫见覆水难收，很有可能硬着头皮继续进行战争而不是像贝斯哈特少将设想的那样与GHQ和日本停战并握手言和。
长间晋三心惊胆战地等待着干涉军的下一轮攻势，但美军的行动似乎因受到重创的进攻部队始终未能重整旗鼓而被无限推迟了。不仅如此，合众国陷入日本战场泥潭给了它的对手可乘之机。就在清除了附近卫星轨道上所有可疑目标的白血球卫星开始按照天西贤治的指示调整轨道、准备锁定合众国境内目标的同一时间，西太平洋海域出现了俄军潜艇的活动踪迹，它们恰在此时挡在美军太平洋舰队主力后撤必经之路上的意图已不言自明。不能以军事手段参加战争的明华集团也以自己的方式开始了对源质基因公司的清算，那些平日里与该企业往来密切的其他企业及个人一概被列为不受欢迎者，而明华集团及其商业合作伙伴将立即结束与相关实体的合作关系并代之以必要的商业制裁。
似乎纠缠着合众国的麻烦还没有告一段落的迹象。2039年9月底，以阿尔及利亚为代表的数十个非洲国家在俄国支持下于俄国境内小镇多尔西亚（Dorssia）发表联合声明，指出名义上以遏制钢皮病疫情为使命的源质基因公司长期以来通过蓄意传播天启病毒、制造和销售效用形同虚设又成为高价生活必需品的疫苗对世界各地居民巧取豪夺、横征暴敛，如今更是疯狂到了为自身经济利益而不择一切手段消灭音波屏障防疫方案的地步。《多尔西亚倡议书》最后明确表示，若合众国不及时采取措施制裁源质基因公司的生化犯罪活动，则签署倡议书的各国将退出UN并使用一切必要手段捍卫自身主权和公民利益免受源质基因公司威胁。还没等焦头烂额的合众国高层从俄国以退出UN相要挟的震惊中回过神来，一项极其危险的动议出现在了UN大会和安全理事会的议程中——鉴于合众国境内钢皮病疫情已经失控且相关机构无法有效阻止疫情蔓延反而变相助长其扩散，考虑设立UN北美委员会授权北美GHQ接管合众国主权、实施托管统治直到北美钢皮病疫情得到控制为止。
UN的权威全仰仗着合众国的强大力量才得以成立，因而合众国一向并不畏惧那些对自身不利的决议。俄罗斯帝国军团与明华集团的诉求也存在许多冲突，白宫的幕僚们正在加紧拟定利用双方在对UN态度上的自相矛盾将其各个击破的策略。不过，眼下合众国正深陷源质基因公司一夜之间被人连根拔起的余震中难以自拔。当初，合众国的政客们出于对公共行政机构受钢皮病冲击后快速崩溃的担忧而未雨绸缪地授权源质基因公司建设新型定居点和防疫区域，那时他们断然没有料到比公共行政机构先一步崩溃的是源质基因公司自身。随着源质基因公司化为乌有，合众国依靠这巨型企业集团及其背后的神识组织而得以勉强维持的国内社会也摇摇欲坠。那些并未与源质基因公司结盟的政客、企业家和学者们则趁势发难，要求合众国尽快摆脱无意义的外部冲突并专注于稳固内部秩序。
试图把源质基因公司的方案执行到底的合众国高层终究没能在不堪重负之前找到左右开弓的完美对策，美军在西太平洋遭受的惨重损失和美军士兵频繁哗变一事则降低了合众国承受更多风险的能力。由于源质基因公司已经覆灭，合众国即便成功干涉日本并摧毁了所有音波屏障装置也不可能夺回在全球防疫工作中的主动权，更别说借此为自身获取更多利益了。事已至此，结束这场纵使胜利也无法给合众国带来胜利果实的军事冲突就成了势在必行的选择。2039年10月10日，GHQ与合众国在UN斡旋下于夏威夷的火奴鲁鲁签订停战协议，协议中仅模糊不清地规定双方立即结束军事冲突、【恢复战前状态】，并未就站在GHQ一方作战的美军官兵以及战争期间叛逃到GHQ的美军未来的去向和是否会受到合众国相关法律惩处给出明确答复，更没有提及长间晋三最关心的经济赔偿。
……但战争终究还是结束了。世界需要更多的时间从神识组织及源质基因公司的阴谋带来的伤痛中复苏，合众国和日本也一样。尽管GHQ和日本都无法立即拿到急需的战争赔款，凭借着自己的聪明才智将天西机械公司建设成为第三次世界大战期间日本不容忽视又一【财阀】的天西贤治并没有因失去这笔意外之财而沮丧太久。源质基因公司的身败名裂也一并打击了依赖疫苗的传统防疫方案，天西机械公司和日本源质基因公司首创的音波屏障防疫方案势必在即将到来的21世纪40年代胜