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的独立运动更为复杂。
清朝建立对内蒙古地区的统治之后，视内蒙古为自己的长城，对其上层甚为优礼。为了能后控制这个有过辉煌历史而又桀骜不驯的民族，联姻、分封和大力推行黄教就成为最有效的手段。
联姻，使得蒙古上层贵族和清朝皇族成为了“一家人”，据学者统计，有清一代，满清皇室公主下嫁蒙古王公多达32人，而蒙古贵族女子嫁入满清皇室的也很多，就皇太极一人的后妃自庶妃以上的就有6人，一家人之间即使有冲突，也可以在家里解决。分封，使得曾经拥有强大武力的蒙古贵族们，所统领的百姓和领土越分越小，对中央构不成威胁，如内蒙古原三大部被分为六盟四十九旗，外蒙古原四大部被分为八十六旗，卫拉特蒙古分为34旗，青海蒙古分为26旗。而推广黄教，则使蒙古人的好战、善战的民族特性被消磨殆尽，而人口也无法得到增长，甚至出现锐减。
但是，清朝对于内蒙古诸王公一向都是“另眼相看”，倍加宠信。在蒙古各旗当中，只有内蒙古各旗的扎萨克拥有统帅兵丁之权，并且各旗事务均由扎萨克自行处理。
相对于清朝对外蒙古的横征暴敛，对于内蒙古则是采取轻徭薄赋政策，按照清朝有关蒙古赋役的条文规定，内蒙古只需供应少量的战马、汤羊、乳酒、石青等物，虽然也要承担一些守卡、驿递等劳役，但相对负担较轻。这种轻徭薄赋的政策，在清代前期一直奉行不渝。另外，对于天灾，清廷还进行慷慨的赈济，规定蒙古但凡遇到重大天灾，都要调拨大量的米粮、皮裘、牲畜、毡房、银两给予救济。除此之外，对于内蒙古，清廷还实行养赡制度，《大清会典事例.〈理藩院.优恤〉》记载，在荒年岁月：“先察明贫乏之户，由本旗扎萨克及富户、喇嘛等抚养，不足则各旗公助牛羊。每贫台吉给牛三头，羊十只，每贫人给牛二头，羊十只。”如本地无力养赡，由“盟内等共出牛羊协济养赡。设若连年饥馑，该盟内力乏不能养济，可申报理藩院遣官查勘，发布赈济。
这样的优厚待遇，使得内蒙古地区很快摆脱了清初因为战乱而经济凋敝的状况。张穆的《蒙古游牧记》，记载在康熙三十五年时，“进边口，于沿途见蒙古生计，阿巴垓、苏尼特等旗骆驼皆健，马匹较少，牛羊饶裕”，鄂尔多斯地区“见其人多有礼貌，不失旧时蒙古规矩，各旗县和睦一体。无盗贼，驼马牛羊不必防守，生计周全，牲畜繁盛，较它蒙古殷富，围猎娴熟，稚兔复多，所献马皆极驯，取马不用套杆，随手执之，水土食物皆甚宜。”
在这种欣欣向荣的情况下，无论是上层王公，还是普通牧民，都感到“皇恩浩荡”，自然不可能如外蒙古一样对于清廷素怀二心的。
而在康乾盛世过去之后，清朝迅速向衰世滑落，内蒙古地区也一损俱损的告别了自己的黄金时代，和清廷的蜜月也结束了。
因为视内蒙古为自己的长城，清廷对于王公们的土地也和自己的龙兴之地一样禁止流民进入开荒。然而，在嘉庆、道光两朝发生的川陕白莲教、回民起义波及到蒙古地区时，蒙古各旗兵勇表现的软弱无能、战斗力低下，使得清朝统治者大失所望，再加上鸦片战争爆发，“三千年未有之变局”来临，国库空虚。于是清廷于1840年对蒙古地区开禁，在木兰围场（锡林郭勒南部）招佃放垦，分片出卖草原，换取饷银。
其实虽然清朝对于蒙古地区的禁垦推行的甚为严厉，但在乾隆中期以后，“违禁出关”“违禁开垦”的流民就形成了“移民潮”，达到了“至出口垦荒者，动辄以千万计”（《清仁宗实录》嘉庆十一年七月已未）的地步。但那属于民间自发，清廷也予以限制，《大清会典》记载，当农耕和牧业发生冲突时，清廷是要保护牧民利益的：“蒙古地方基已耕种，不可牧马，非数十年，草不复茂，尔等酌量耕种，其草佳者，应多留之，蒙古牲口惟赖牧地而已”，而流民垦荒也应和了蒙古地区需要农业的要求。但到政府开禁，性质便全然不同，规模巨大，且毫无限制，与牧民争夺土地，这就引起了大量的抗垦运动，原本相安无事的满蒙、蒙汉民族之间，开始出现了裂痕。
当然，这些摩擦和裂痕还不足以让内蒙古对于清朝产生离心力，各王公还是对清廷忠心耿耿。在辛亥革命爆发，清廷岌岌可危的时候，内蒙古各王公并没有如外蒙古王公一样谋求独立，而是力图延续清朝的寿命。
清朝覆亡前夜，当时驻京蒙古王公有：“清廷御前大臣中的喀尔喀赛音诺颜札萨克亲王那彦图、科尔沁辅国公博迪苏；八旗都统、副都统的科尔沁札萨克亲王阿穆尔灵圭、土默特札萨克贝子棍布札布、科尔沁辅国公达赉、喀尔喀亲王那彦图之子祺诚武；资政院钦选议员中的喀喇沁札萨克郡王贡桑诺尔布、喀尔喀车臣汗部郡王多尔济帕拉穆；新疆旧土尔扈特部札萨克郡王帕拉塔、科尔沁札萨克宾图郡王棍楚克苏隆、巴