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人（职官品级：从三品，散官品级：从二品）
南北指挥同知各1人，共2人（职官品级：正四品，散官品级：正三品）
太和门镇抚使兼顺天府镇抚使1人（职官品级：正四品，散官品级：正三品）
镇抚使36人（职官品级：从四品，散官品级：从三品）
千户长21人（职官品级：正五品，散官品级：正四品）
副千户长42人（职官品级：从五品，散官品级：从四品）
百户长不限（职官品级：正六品，散官品级：正五品）
试百户长不限（职官品级：从六品，散官品级：正五品）
总旗不限（职官品级：正七品，散官品级：正六品）
小旗不限（职官品级：从七品，散官品级：正六品）
许显纯：锦衣卫指挥使（管理整体事务）
杨寰：锦衣卫指挥副使（随侍皇帝）
崔应元：锦衣卫南镇抚司指挥同知（负责考录、征税及其他）
吴孟明：锦衣卫北镇抚司指挥同知（负责刺探情报、缉捕及护卫）
胡松奇（胡宗宪二子）：锦衣卫太和门镇抚使、锦衣卫顺天府镇抚使
镇抚使：北直隶（吴猛（吴有性之子））、山西（孙云鹤）、山东（田敦吉）、河南（胡柏奇（胡宗宪三子））、两湖、四川、云贵、陕甘宁、南直隶、苏皖、江西、福建、台湾、两广、辽东（胡桂奇（胡宗宪长子））、朝鲜（赵泗州）、东蒙、察哈尔、乌思藏、朵甘、安南、太原府、西安府、济南府（梁清宏）、应天府（李若琏）、成都府（李实）、昆明府、武昌府、贵阳府、南昌府、天津港府、胶州港府、松江港府、福州港府、广州港府、台南港府
千户长：北直隶、山西、山东、河南、两湖、四川、云贵、陕甘宁、南直隶、苏皖、江西、福建、台湾、两广、辽东、朝鲜、东蒙、察哈尔、乌思藏、朵甘、安南各行省首府设千户，主要负责考录、征税及其他
副千户长：协助千户长，并主要负责刺探情报、缉捕及护卫
百户长：各县设百户，主要负责考录、征税及其他
试百户长：协助百户长，并主要负责刺探情报、缉捕及护卫
总旗：各乡设总旗，主要负责考录、征税及其他
小旗：协助总旗，并主要负责刺探情报、缉捕及护卫
4、京营：负责北京防卫工作；独立成军，承担对外作战。
9人为1什（什长），9什为1百户（百户长—参知），9百户为1千户（千户长—参事），9千户为1师（校尉—参谋），3师为1镇（镇门—参军），3镇为1军（总兵—同知—参将—裨将）。京营编制为1军，计59049人。
总兵1人（职官品级：正一品，散官品级：正一品）
监军1人（内监担任，散官品级：正四品）
左右同知各1人，共2人（职官品级：从一品，散官品级：正一品）
参将2人（职官品级：正二品，散官品级：从一品）
裨将1人（职官品级：从二品，散官品级：从一品）
镇门3人（职官品级：正三品，散官品级：正二品）
参军6人（职官品级：从三品，散官品级：正二品）
校尉9人（职官品级：正四品，散官品级：从二品）
参谋18人（职官品级：从四品，散官品级：从二品）
千户长81人（职官品级：正五品，散官品级：正三品）
参事162人（职官品级：从五品，散官品级：正三品）
百户长729人（职官品级：正六品，散官品级：正四品）
参知729人（职官品级：从六品，散官品级：正五品）
什长6561人（职官品级：正七品，散官品级：从五品品）
戚昌国：京营总兵（管理整体事务）
黄彦：内监司监军所总管太监、京营监军
翟式耜：京营左同知（分管考录、军功）
朱启明（朱舜水之兄）：京营右同知（分管装备、粮饷）
尚可喜：京营参将（分管火器镇）
刘文秀：京营参将（分管辎重镇、护卫镇）
袁韬：京营裨将（分管参谋本部、随侍皇帝）
孙可望：京营火器镇镇门
参军：高杰、沈志祥、孟乔芳
京营火器镇校尉：李永芳、马光远、金砺
赵印选：京营护卫镇镇门
参军：李成栋、孙德功、鲍承先（兼领九门提督府提督）
京营护卫镇校尉：祖可法、祖泽远、张存仁
李元哲：京营辎重镇镇门
参军：刘武元、陈锦、刘芳名
京营辎重镇校尉：左梦庚、田雄、马得功
5、内监司：负责照顾皇帝生活起居；负责特务组织、秘密侦查，并向皇帝汇报；管理