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眼看着已经进入腊月，崇祯召集军机处众臣与保和殿议事，杨嗣昌道，陛下，目前剩余新军已经与济南府集合完毕，业已成军，共计编练新军十五支，余兵24527人，请陛下示意。
崇祯道，敕令各新军继续严格训练，各级军官要加强对官兵的忠君思想教育，确保训练出的新军既要有战斗力，而且要绝对服从，绝对忠诚为好。另令余兵前往京师，朕要重建京营！
杨嗣昌退到一边，朱舜水又出来道，陛下，目前已将太子府三定章程拟定，请陛下过目。王承恩接过折子，朱舜水道，太子太师、太子少师、太子太傅、太子少傅、太子太保、太子少保皆为正一品，仅为荣誉头衔；太子府设詹事府，詹事一，正二品，少詹事正三品，府丞正五品。
崇祯道，虽然现在未立太子，但是詹事府不可不预设，而且三公之职不可仅为名誉头衔，可定太师、太傅、太保为名誉头衔，少师应从国子监遴选，注重德行教育；少傅应从格物处遴选，注重格物之法教育；少保应从军官学堂遴选，注重军事兵法教育，国家未来的主人不可偏废一方。其余准奏。
崇祯又问，军机处三定章程可拟定好？朱舜水道，军机处牵涉众多，尚未完成。崇祯便有些不高兴的说，军机处关系重大，军机处未定，军改如何进一步进行！实在荒唐！迁延如此时日！
朱舜水忙跪下道，微臣有罪。崇祯道，军机处乃朕亲建，天下都盯着呢，军机处动了，在动其他的，才好服众，尔等即为朕股肱，如何不懂此等道理！何况这次大动，朕是要将军机处众人放一批出去的，如此才好替朕考察四海，诸卿且不可徇私！如今已入腊月，元月前朕势必要处理好军机处诸事，否则，诸卿可自绝耳！
皇帝把话说的这么重，又恩威并用，众臣哪里还敢耽搁，忙至军机处商议去了，只有个七八天的功夫，军机处众人便拟定了章程，呈递崇祯皇帝。
朱舜水道，定军机处大臣四，正四品；侍郎四，正五品；都司佥事、祭酒正六品；下设考功司，专司对军机处所辖各级官员考订政绩，擢迁谪黜；通政使司，专司旨意拟定、用印、上传下达；府库司，专司朝廷各项收入支出，直管皇家钱庄；税司，专司对朝廷各项税务征收；刑名司，专司制定各项大明律法；市舶司，专司对开海各港口贸易征税；粮饷司，专司对军民所用钱粮进行调配管理；安置司，专司对军改中各遣散官兵将士安置；上林苑监，专司对皇庄生产经营、对皇亲及其他土地丈量分配、对失地流民分配土地安置；漕运司，专司对京杭运河及其他内河勾连交通及对贸易征税；皇家军官学堂；天津水师学堂。
崇祯点点头道，府库司干系尤为重大，虽然有徐家主持各项贸易事务，但是对实业影响不大，可将原徐家的产业统并为贸易局，另设一实业局，可将原属于内务处的织造局、瓷器局等归并其中，天子亦应与民同乐矣！同时，要告诉天下，朝廷要大力倡导实业，今后除了盐铁等继续实行朝廷专营外，实业局要利用格物处发明的各项成果，大力开办各项实体作坊，如此才是根本，否则贸易也只是无根之木而已。
朱舜水道，陛下天恩浩荡，臣不及陛下万分之一也！崇祯又说，朕以为军机处可多添置新人，现军机处众卿，除兼内阁中人外，均是朕心腹股肱之人，合该替朕巡查四海，卿可与翰林院中考究一番，报与朕知。
又不几天，朱舜水将名单列出，除了姓名，还包括所荐的由来，所擅长的地方等等，崇祯点了点头说，爱卿做的很好，只是朕想着，这军机处除了贯彻朕意，亦是要做实事的地方，且不可徇私舞弊，塞一些只会溜须拍马的人进来，朕看名单中复社中人颇多，东林党人中多有清谈之人，但也不乏干事的，又有保皇党中人，德行虽然差了点，但好在忠君事，而且对理财颇有见地，也不可不用起来。
朱舜水连连称是，崇祯又说，国之大事，唯财与兵，复社士子亦不可不懂财事，可以从复兴书院多多选派有兴趣之人，往京师大学堂学习理财之事，以后会有大用处。卿将名单拿回去，在增删一下，过两日在递。
朱舜水接过名册又下去了，陆遥问，复社是你一手操控办的，难道你还不放心？朱由检说，先生不明白啊，要是军机处都是复社中人，那以后我岂不是要被架空了？还是要保持一个平衡为好。陆遥还要说什么，朱由检道，我知道先生要说什么，无非就是疑人不用，用人不疑，但是老话还说害人之心不可有，防人之心不可无啊，何况又是关系朝廷用人，我自会处理好。陆遥这才不再说，不过心中却是腹诽的很，对朱由检的担心不以为然。
过了几日，朱舜水将新的名册整理出来，崇祯看了才放下心来，1627年12月11日，正式颁布圣旨道，军机处乃军事中枢，且为天子近臣，权责重大，朕不可不深查之，谨慎之。特置大臣四，正四品；侍郎四，正五品；