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一该杀；大臣的罪没有比欺骗君主更大的，你送上奏章全都蒙骗，杀害投降的士兵和难民，假冒战功，二该杀；大臣没有自己的将领，有则必杀。你上书说在登州驻兵取南京易如反掌，大逆不道，三该杀；每年饷银几十万，不发给士兵，每月只散发三斗半米，侵占军粮，四该杀；擅自在皮岛开设马市，私自和外国人来往，五该杀；部将几千人都冒称是你的同姓，副将以下都随意发给布帛上千匹，走卒、轿夫都穿着品官官服和袍带，六该杀；从宁远返回途中，劫掠商船，自己做了盗贼，七该杀；强娶民间女子，不知法纪，部下效仿，使得百姓不安于家，八该杀；驱使难民远远去帮你盗窃人参，不听从的就被饿死，岛上白骨累累，九该杀；用车送金子到京师，拜魏忠贤为父，并在岛上雕塑他加冕冠的肖像，十该杀；铁山一战败北，丧师不计其数，却掩败为功，十一该杀；设镇八年，不能收复一寸土地，坐地观望，姑息养敌，十二该杀。”宣布完后，毛文龙丧魂失魄，说不出话来，只是叩头请免他一死。说实话，臣也被吓坏了，不知道这是唱的那一出。
崇祯便问，那又怎么了？方正化道，袁总督便把毛文龙帐外的部将召来问：“毛文龙这样的罪状，该不该杀他？”大家都怕得唯唯诺诺，谁敢反对？只有孔有德说了几句，称道毛文龙数年劳苦，袁总督便训斥说：“毛文龙本是一个平民百姓罢了，官做得最高，全家都得以荫封，足够报他的辛劳了，他怎么就这样悖乱违逆呢！”接着就跪下说：“我今天杀毛文龙以整顿军纪。将领中间有和毛文龙一样的，都要杀了他们。我不能成功的话，请皇上也像杀毛文龙一样杀了我。”于是取下宝剑在帐前把毛文龙的头砍了下来。还传下令去说：“只杀毛文龙一人，其他人都没有罪。”
崇祯满意的点点头，方正化继续道，乖乖，毛文龙从皮岛带了几千人，但是都被袁总督的威风吓怕了，没有几个敢轻举妄动的，臣虽然不明就里，但是也知道毛文龙十二条里，多半也是却有实事的，所以有几个想蠢蠢欲动的，臣也用监军的名号弹压下去了，还请陛下赎罪。
崇祯便说，爱卿做的对。方正化抬起头，有些不可思议的看着皇帝，沉默片刻后说，袁总督杀了毛文龙，又令刘兴祚将军暂代毛文龙之职，又分拨其手下二万八千人为四协，任用毛文龙的儿子毛承祚、副将陈继盛、参将徐敷奏、参将孔有德分别为首领。袁总督对臣说这些人事安排事从权益，没来得及启奏陛下，又不让写在奏折里，说怕被内阁和军机处看了，生出枝节来，所以让臣口述给陛下，还说：“毛文龙作为大将，不是我可以擅自诛杀的，所以我谨席橐待罪。”
崇祯点点说，朕知道了，朕自有道理，爱卿既然回来了，便不必回去了，朕擢你为内务处提督、领宋王府总管事。方正化便叩头道，臣谢陛下天恩，在皮岛就听说小王爷的事了，臣心里高兴的很，一心想着在小王爷面前磕头，这不正好就遂了臣的愿了。