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军约克城号航空母舰上起飞的“无畏”式俯冲轰炸机（vb-3）则专门攻击意志军苍龙号航空母舰。意志军的三艘航空母舰刹那间变成了三团火球，堆放在甲板上的的飞机以及燃料和弹药引起大爆炸，火光直冲云霄，短短的五分钟，意志国三艘航空母舰被彻底炸毁了。
十时四十分，接替指挥空中作战的意志军第二航空战队司令官多闻少将发动反击，十八架由“九九”式俯冲轰炸机和六架一式战斗机组成的攻击编队从飞龙号航空母舰起飞。飞向目标途中，发现了一批正在返航的利坚军轰炸机，便悄悄的尾随。就因如此，意志战机成功的找到了约克城号，并立即发动攻击，三颗炸弹命中约克城号，虽然约克城号遭到破坏，但是在利坚军船员的极力抢修下，恢复了航行功能。
十一时三十分，意志军云楠中将及其幕僚转移到了长良号巡洋舰，开始集合残余的舰队。
十三时四十分，十架意志军“九七”式鱼雷攻击机和六架一式战斗机又从飞龙号飞来，对受伤的利坚军约克城号发起了第二次攻击。约克城号这次就没那么幸运，被两枚鱼雷击中，左舷附近掀开两个大洞，并把舰舵给轧住了。利坚军弗莱彻少将被迫转移到巡洋舰，将指挥权移交给斯普鲁恩斯少将。
十四时四十五分，利坚军侦察机发现意志军飞龙号航空母舰，斯普鲁恩斯立即命令企业号、大黄蜂号航空母舰的三十架“无畏”式俯冲轰炸机起飞，去攻击飞龙号。
十五时零分，利坚军约克城号的舰长巴克马斯特被迫下令弃舰。然而，它却并没有沉没，于是利坚军又回到该舰上，试图由拖船拖向珠港。
十六时四十五分，利坚军企业号航空母舰的俯冲轰炸机成功地攻击了意志军剩下的飞龙号。飞龙号当即命中四弹，船上一片火海。
十九时十三分，意志军苍龙号与加贺号先后沉没。
二十时三十分，意志军本闪元帅命令一六八号潜艇于开始对土著岛的机场炮击，并通知说之后会有第七战队加入炮击。
二十二时五十分，意志军云楠报告：“利坚军还有航母四艘，我方航母全灭。”
意志国联合舰队司令本闪元刷否决了集中全部舰只在白天轰炸并登陆土著岛的挽回败局的方案，下令：
“取消土著岛的占领行动。所有责任由我一个人来担当，我回去请罪。”他把自己关进会客室，一连三天拒绝会见部下。
次日三时五十分，意志军云楠收到本闪“击沉‘赤城号’”的命令。
五时零分，抢救失败的赤城号航空母舰被意志军舞风号、萩风号、野分号和岚号驱逐舰发射的鱼雷击沉。
五时十分，无法挽救的飞龙号航空母舰被意志军驱逐舰发射的鱼雷击沉。第二航空战队司令多闻和舰长加来选择与舰共沉，部分被大火困于船舱底部的船员自鱼雷击穿的洞口逃生获救。
此日，利坚军派出多波战机追击意志军军舰，但均未发现意志军本闪的主力舰队。
六月六日三时四十五分，意志军两艘重巡洋舰最上号和三隈号在浓雾中转向时互撞，最上号重创，三隈号及另两艘驱逐舰留下护航。
八时五分，土著岛起飞的十二架利坚军陆战队轰炸机追击三隈号及最上号。三隈号遭到击沉，而重伤的最上号则最后逃过利坚军轰炸，返回特鲁克岛基地。利坚军接着试图追击早在数小时前沉没的飞龙号，不过只找到了谷风号驱逐舰。但是，双方并无任何战果。
六月七日十三时零分，意志军一六八号潜艇发现利坚军了约克城号，随即发射四条鱼雷，两条命中约克城号，一条命中护航的哈曼号驱逐舰，哈曼号驱逐舰随即沉没，约克城号一直飘浮到第二天中午才沉入海底。
利坚军其它六艘驱逐舰曾试图反击意志军一六八号，但一六八号最终安全撤离。土著岛之战宣告结束。
意志国海军骄傲自大，狂妄轻敌。骄兵必败，这是意志国海军在这次海战中的真实写照，也是意志国海军在这次海战中失败的根本原因。战争初始阶段，意志国海军表现很好，尤其是偷袭珠港，做到了计划周密，准备充足，作战精确无误，取得了意想不到的辉煌战果。但是由于这个阶段过于顺利，使意志国海军上下被胜利冲昏了头脑。在这次海战上，没有了开战初期那种兢兢业业的态度。作战计划制定仓促，漏洞百出，对反对意见置若罔闻，而对作战计划进行检验的图上演习也是敷衍了事。例如，演习中云楠部队在空袭土著岛时遭到美陆基飞机的攻击，裁判判定意志国舰队被命中九次，两艘航空母舰被击沉。可主持演习的宇垣少将命令将命中次数改为三次，改判为一艘航空母舰被击沉，另一艘轻伤，可不久这艘被击沉的航空母舰又从海底浮了上来，参加了下一阶段的战役。意志国云楠中将的第一机动部队的官兵也对战役抱着“无论是什么任务我们都可以完成”的态度，没有认真准备。意志国海军全军上下狂妄自大，这也是导致后来一连串错误，致使意志国海军失败的根源。