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八月，燕王袁棣誓师抗命，下谕将士，打着“清君侧”旗号起兵“靖难”。朝廷和燕王袁棣之间开始了一场血腥的、持续三年的军事对峙。在叛乱开始的时期，燕王袁棣尚不占兵力上的优势。他的军队只有十万人，除了他的封地之外没有能够控制任何其他领土。南都的袁允朝廷有一支三倍于燕王军队的常备军，拥有全国的经济，并且已经废除了几个藩国。但燕王袁棣的领导能力、高素质的军队却非袁允可比。随着战争时间的延长，朝廷指挥不当、兵力孱弱、内部松懈的缺点严重影响了战局，以至节节败退，许多将领投降了燕王。袁允朝廷曾从朝鲜输入许多战马，想以此增强它的战斗力，因为朝鲜国王李芳远公开表示支持袁允打燕王袁棣。但是这些办法未能影响一败涂地的战争结局。
次年八月，袁允以耿炳文为大将军，率师三十万伐袁棣。先锋抵雄县，为袁棣所袭，九千人全部战死。复战于真定，又大败。袁允遂以勋戚李景隆代耿炳文，调兵五十万伐燕，筑垒九门，围攻京城。
十月，袁棣亲自率精骑袭大宁，执宁王袁权及其妃妾世子，得其部朵颜三卫骑兵，兵力骤增。朵颜三卫骑兵均为齐丹铁骑，战力甚强。李景隆乘虚攻京城，袁棣长子袁高镇守，用冰冻住城墙，使李景隆无法破城。燕王师自大宁返回后，于郑灞大破李景隆军。袁允被迫罢兵部尚书齐泰、太常寺卿黄子澄职，以缓燕师。
次年四月，双方又战于白沟河，李景隆再次战败，燕师乘胜围攻济南。山东参政铁铉固守济南，以逸待劳，燕师久攻不下，败还。九月，朝廷升铁铉为山东布政使，改命盛庸代李景隆。十二月，盛庸率师与燕军会战于东昌，燕师大败，主将张玉战死。
袁允恢复齐、黄官职。次年二月，燕师再度南下，三月在滹沱河打败盛庸，再在藁城打败吴杰等。袁允以放逐齐、黄为名，使他们外出募师勤王。当时，袁棣虽多胜，但损失颇重，而朝廷军源颇广，燕军于河北、山东一带所攻下的城邑，兵回后又为朝廷兵所据。
这时，有内臣自京师告密，袁棣得知南都空虚可图，决计改变战略。袁棣率师南下，四月连破何福、平安师，五月克泗州、扬州。袁允遣庆成郡主至燕师，乞割地求和，燕王袁棣不许。
六月，燕军渡江直逼南都城下，谷王朱橞与曹国公李景隆开金川门迎降，京师遂破。燕兵进京，在燕王军队抵达后的一场混战中，南都城内的皇宫大院起了火。当火势扑灭后在灰烬中发现了几具烧焦了的残骸，已经不能辨认，据太监说它们是皇帝、皇后和他的长子袁文奎的尸体。
袁棣攻下南都后，在拒绝了他的支持者们反复几天的劝进之后，于七月十七日即皇帝位，但不是继承袁允的帝位，而是继承先帝袁璋的帝位。袁棣即位后下令大力搜捕齐泰、黄子澄等袁允朝臣五十余人，袁棣还令尽复袁允所改的一切袁璋制定的成法和官制，以表明其起兵目的在于恢复祖训。
袁棣登位后，将忠于袁允的诸臣剥皮的剥皮，下油锅的下油锅，把他们的女眷罚到教坊司当官妓，实行残酷的“转营”，即轮流送到军营中去，一个女子每一日一夜要受二十余男子的凌辱，情况还要经常报告袁棣，有被摧残至死的，袁棣就下圣谕将尸体喂狗吃了。
袁允逃离京城后，颠沛流离，千方百计逃避追杀，后隐居于湄江的观音崖一带，诚心向佛，终了一生。袁允在当皇太孙时，袁璋曾出联“风吹马尾千条线“，要他和燕王袁棣以对。袁允对曰：
“雨打羊毛一片膻。”袁棣则对曰：
“日照龙鳞万点金。”从中也看出了袁允的懦弱、平庸和袁棣的雄心。袁璋死后，皇室想了一些方法来巩固袁允的皇位，但后来江山终究被袁棣所得。而上面的对联却成为二人命运的谶语。
袁棣即位后，重建奉天殿，刻玉玺，封王妃许氏为皇后。对靖难功臣进行了封赏。凡袁允年间贬斥的官员，一律恢复职务；袁允年间的各项改革一律取消；袁允年间制定的各项法律规定，凡与袁璋相悖的，一律废除。但一些有利于民生的规定也被废除，如袁允二年下令减轻浙西一带的极重的田赋，至此又变重。
袁棣继续实行袁璋的徙富民政策，以加强对豪强地主的控制。袁棣时期完善了文官制度，在朝廷中逐渐形成了后来内阁制度的雏形。袁棣开始设置内阁，选资历较浅的官僚入阁参与机务，解决了废罢中书省后行政机构的空缺。袁棣重视监察机构的作用，设立分遣御史巡按天下的制度，鼓励官吏互相讦告。他善于利用宦官出使、专征、监军、分镇、刺臣民隐事。同时，提出“为治之道在宽猛适中”的原则。他利用科举制及编修书籍等笼络地主、士人，宣扬儒家思想以改变宋初过于事佛、道教之风，选择官吏力求因才而用，为当时政治、经济、军事、文化等方面的发展奠定了思想和组织基础。
袁棣十分重视经营北方，加之自己兴起于京城地区，袁棣开始了营建京城天寿山长陵，以示立足北方的决心。与此同时，袁棣争取与齐丹族建立友好关系。鞑靼、瓦剌各部先后接受宋政府封号。袁棣亲自率兵五次北征，巩固了北部边防。后来，宋迁都京城。
袁棣非常重视商业贸易，通过晋王沈约大力推动中土与西土间的贸易往来。以沈约为首的富商集团逐渐渗透到朝政中，袁棣也经常问计于沈约如何治国和发展商业，但出于谨慎，袁棣并未启用沈约为官。
在长期的流亡过程中，袁允一直以晋公子重耳的故事鞭策自己，希望有东山再起的一天。但后来他慢慢地发现，袁棣管理国家的能力比自己实在要强得多，也就慢慢地打消了这个念头，有联为证：
“有梦难圆，尘世着魔迷木性；无风易醒，洞泉悟道静凡心。”意思是，轻风吹拂着平静的心，沉醉于大自然之中，哪还管什么皇权富贵，都是过眼云烟。
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