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后，也于当晚毁炮撤去江北。有的将领只向所属部队打撤退电话，或回去安排一下撤退事宜就脱离部队，先行到达下关，随同卫戍司令部及第36师乘渡船先到江北。如第71军军长王敬久、该军第87师师长沈发藻等根本未回指挥所；教导总队队长桂永清回到富贵山地下室指挥所后告知幕僚撤退任务，即留参谋长邱清泉处理文件等，自己单独先去下关；其第2旅旅长胡启儒得知撤退消息较早，不等会议结束，即以奉命去下关与第36师联系为由，电话通知其第3团团长代行旅长职责，独自先去下关。
由于城中各部队多沿中山路向下关撤退，而挹江门左右两门洞已经堵塞，仅中间一门可以通行，各部争先抡过，互不相让，不少人因挤倒而被踩死。如教导总队第1旅第2团团长谢承瑞，在光华门阵地上曾英勇地抗击日军多次冲击，却在挹江门门洞内被拥挤的人群踩死。有的将领，如第83军第156师师长李江见城门无法挤过，就从门东侧用绑腿布悬吊下城出走。
下关情况更为混乱，各部队均已失去掌握，各自争先抢渡。由于船少人多，有的船因超载而沉没。大部官兵无船可乘，纷纷拆取门板等物制造木筏渡江，其中有些人因水势汹涌、不善驾驭而丧生。
因乌龙山要塞守军撤走，原停泊于草鞋峡、三台洞（燕子矶南）的“文天祥”鱼雷快艇中队（4艘）也于112日夜驰去大通，12月13日拂晓，日军山田支队未经战斗即占领了乌龙山；日海军舰艇通过封锁线到达下关江面，日军第16师团一部亦乘舟艇进至八卦洲附近江面。大量正在渡江的中国军队官兵被日海军及第16师团的火力和舰艇的冲撞所杀伤。宪兵副司令萧山令即死于半渡之中。与此同时，日军各师已分由中山门、光华门、中华门、水西门等处进入南京城内；原在镇江的天谷支队已渡过长江，正向扬州前进中；国崎支队已至江浦，正向浦口前进中。已渡至江北的中国军队沿津浦路向徐州方向撤退。
12月14日，根据中国大本营的指示，唐生智在临淮关宣布南京卫戍司令长官部撤销，撤至江北的卫戍军部队改隶第三战区。南京保卫战基本结束。
参战部队
中国方面
第2军团（第41、第48师）
第66军（第159、第160师）
第71军（第87师）；师长孙元良，德械部队，时为中国最精锐部队
第72军（第88师）；师长王敬久，德械部队，g精锐军
第74军（第51、第58师）
第78军（第36师）
第83军（第154、第156师）；军长叶肇、副军长邓龙光
教导总队（第103、第112师）；队长桂永清
宪兵部队三个团
卫戍司令长官——唐生智
副司令——罗卓英
约10余万人
日本方面
日本军队由华中方面军任主力，主要由上海派遣军和第十军构成。此外，还有通信部队、铁道部队、航空部队、工兵部队、兵站部队等。
华中方面军-司令官：陆军大将松井石根
上海派遣军-司令官：陆军中将朝香宫鸠彦王
第三师团先遣队-联队长：陆军大佐鹰森孝
第九师团-师团长：陆军中将吉住良辅
第十六师团-师团长：陆军中将中岛今朝吾
山田支队（第十三师团一部）-歩兵第百三旅团长：陆军少将山田栴二
第十军-司令官：陆军中将柳川平助
第六师团-师团长：陆军中将谷寿夫
第十八师团-师团长：陆军中将牛岛贞雄
第百十四师团-师团长：陆军中将末松茂治
国崎支队（第五师团歩兵第九旅团）-支队长：陆军少将国崎登
战斗结果
中国方面军人约五万余人，包括平民估计超过三十万人丧生
南京保卫战中牺牲的国军将领
萧山令：南京卫戌司令部参谋长，1937年12月13日牺牲于南京下关码头。追赠陆军中将。
罗策群：第159师副师长，少将，1937年12月12日牺牲于南京保卫战。
高致嵩：第88师264旅旅长，1937年12月12日牺牲于南京中华门。追赠陆军中将。
朱赤：第88师262旅旅长，少将，1937年12月12日牺牲于南京中华门。
易安华：第87师259旅旅长，少将，1937年12月12日牺牲南京莫愁湖。
李兰池：第57军副旅长，少将，1937年12月12日牺牲于南京太平门。
司徒非：第160师参谋长，少将，1937年12月12日牺牲于南京保卫战。
姚中英：第157师参谋长，少将，1937年12月12日牺牲于南京保卫战。
谢承瑞：教导总队第一旅二团上校团长12月13日凌晨始受命撤往下关，在挹江门因身体虚弱被拥挤失控的人群踩倒身亡。后追赠宪兵少将。
以上将领尸骸无一从南京城中运出!
南京保卫战战果：
南京保卫战打死日军三千余人，打伤九千余人，合计毙伤日军一万二千余人。