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原本》外，他自己还动笔写了《太西算要》《几何体论》《几何用法》等数学专著。后来他还与利玛窦、汤若望等人编写了名为《神机法要》的军事专著，详细阐述了明军火炮的制法和使用方式。孙元化虽然皈依了天主教（教名Ignacio），不过他对其教义，也有自己的看法，曾多次主持此类教义讨论会。孙元化与汤若望交好，问斩前，汤若望曾扮成送煤小厮进牢为其做告解。
吃了就吃了吧，并非什么大事，大不了赔几只。
可问题是，当地的老百姓比较彪悍，且没说赔鸡，把人抓住以后，先修理了一顿，打得很惨。
消息传上去，当即炸锅，孔有德怒了，这还了得，后金军老子都没怕过，怕老百姓？二话不说，索性抢你娘的。
问题是，抢完了怎么办，毕竟大明是法制社会，犯了法，是要杀头的，所以孔有德破罐子破摔，反了。
孔有德同志原本是挖矿的，也没什么政治目标，更不打算替天行道，但既然反了，替天抢一把还是要的。
他带领部队，开始沿路抢劫。
此时，得到消息的孙元化急得不行，连忙找来山东巡抚余大成商量对策，谈来谈去，谈出一个结果——招安。
想出这么个招，原因在于他们认定，孔有德的反叛是出于误会，只要把他拉回来，安慰安慰，没准儿再给几只鸡，就能解决问题。
更重要的是，这件事如果追究起来，黑锅就背定了，趁着现在事情还不大，瞒报情况拉人回来，还能保住官位，所以不能动武，只能招安。
事实证明，瞒报注定是要穿帮的。
孙元化派出使者，找到孔有德，告诉他，赶紧归队投降，否则就什么什么。
孔有德很害怕，当即表示愿意投降，前往登州接受整编。
孙元化很满意，坐在城里等着孔有德，几天后，孔有德顺利到达登州，干的第一件事，就是攻城。
孙元化同志毕竟是知识分子，他并不知道，像孔有德这种兵油子，本没有道德观念，算是无赖，而能镇得住他的，也只有更无赖的无赖，比如毛文龙。
而孙专家最多也就是个技术员，对孔有德而言，不欺负是白不欺负。
还好守军反应快，立即出城迎敌。
但就战斗力而言，双方差距实在太大，登州城里的部队，平时最多也就打打土匪，跟从皮岛来的孔有德相比，只能算仪仗。
所以没过多久，部队就被孔有德军击溃，退回城内。
虽然失利，但大体还算不错，因为登州城有大炮，据城坚守，应该没有问题。
可惜孙元化同志疏忽了极为重要的一点——他忘记了一个人：耿仲明。
耿仲明还在城内，作为孔有德的铁杆、老乡、战友兼同事，如果不拉兄弟一把，是不地道的。
耿仲明很地道，所以他连夜打开了城门，放孔有德进城，登州沦陷了。
孙元化很有点儿骨气，听说叛军入城，就准备自杀，但手慢了点儿，导致自杀未遂，被俘。
孔有德到底是混社会的，讲点儿江湖道义，没有杀孙元化，只是把他扣做人质，同时，他又致信山东巡抚余大成，要求和谈。
好在余大成还比较清醒，知道事情闹大了，当即上报朝廷，登州失陷。
崇祯大怒，搞这么大的事，现在才来汇报，干什么吃的！
他马上下令，免去孙元化、余大成的职务，委派谢涟为登莱巡抚，接替孙元化，平定叛乱。
很快，孔有德也得知了这个消息，他明白，只能一条路走到黑了。
但他对孙元化似乎很有感情，到这份儿上，都没动他一根指头，竟然给放了。
但他做梦都没想到，自己难得干了件好事，也能把孙专家害死。
因为这事从头到尾，孙专家的责任太大，所以孙元化千里迢迢投奔朝廷后，就被朝廷逮了，送到京城，审讯完毕，竟然判了死刑，拉出去砍了。
现在的孔有德很麻烦，他虽然占据了登州，但也就是个小城，且还在明朝腹地，上天没路，下地没门，渡海没船，基本是歇菜了。
但非常难得，孔有德同志很乐观，他非但没有走，还干起了大买卖，找来了当年的同事李九成、耿仲明、陈友时，还拉上毛文龙的儿子毛承禄，并广泛招募各地犯罪分子，扩编军队。
参考消息
毛家诸人的隐秘关系
孔有德实际上是毛文龙的养孙，耿仲明之所以帮孔有德，是因为他也是毛文龙的养孙。他们反了之后，迅速拉拢了毛文龙的养子毛承禄。实际上毛文龙死后，毛承禄曾上书为其鸣冤。只是当时崇祯正用着袁崇焕，所以没有理会。毛承禄只好继续领兵守皮岛，但他也因此有了二心。孔有德叛变之后，毛承禄从了孔，并与其自组政府。毛承禄长期统领家丁亲军，家族声望很高。他被擒后，崇祯将其凌迟处死。