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知道刘协是董太后抚养长大，号“董侯”，董卓又自认为与董太后同族，於是心生欢喜，萌生废刘辩丶立刘协之意。[21]董卓邀请袁绍到显阳苑商议废立，袁绍不同意，提出要去请示自己的叔父太傅袁隗。袁绍说：“恐怕大多数人都不会同意你的意见！”董卓闻言大怒：“竖子！天下事岂不决我？我今为之，谁敢不从？尔谓董卓刀为不利乎！”袁绍反讥：“天下健者，岂唯董公？”然後拿着佩刀作揖而去。董卓知道袁绍的声望地位，也拿他没办法。董卓将废立之事汇报给太傅袁隗，袁隗同意，袁绍因而弃官逃亡至冀州勃海郡。
八月三十日，董卓在朝会上提出废立之事，并以霍光事为例，自比田延年（谁反对就立刻处死），满朝文武只有尚书卢植站出来抗辩，董卓被顶撞得无言以对，气得罢会。後来董卓还想寻找机会杀害卢植，但被蔡邕丶彭伯（或作：彭伯群）劝阻，卢植则弃官逃亡。九月一日，尚书丁宫在崇德前殿主持废立仪式，太傅袁隗将刘辩扶下御座，解除玉玺印绶并转交给刘协，然後扶刘协正式登基，是为献帝。紧接着，董卓让尚书宣读策文，并弹劾何太后害死董太后的罪责，将其迁㣉永安宫。九月三日，何太后被毒杀身亡。董卓不允许朝廷为何太后举办丧礼，而是让刘协到雒阳城内奉常亭表示哀悼，公卿大臣们穿白衣上朝三天。
九月十二日，朝廷遥封远在幽州的幽州牧兼太尉刘虞为大司马（上公之位），董卓由司空改任太尉，兼领前将军，加节，赐斧钺丶虎贲，更封郿侯。[25]
董卓像[26]九月末，董卓与司徒黄琬丶司空杨彪一同携带鈇鑕到朝堂上书，要求为建宁元年（168年）九月政变时，被政治定性（诬陷）为叛贼的陈蕃丶窦武以及次年（169年）在“第二次党锢之祸”中被捕遇害的众多党人平反。刘协（袁隗）准奏，恢复陈蕃等人的爵位，并提拔他们的子孙为官。