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礼部尚书温体仁揣摩皇帝意思，说道：
“李善长之罪，在于知逆谋不发举，狐疑观望怀两端，实属大逆不道。”
“故而太祖诛之，让功臣引以为戒。”
朱由检微微点头，对太祖定下的罪名当然是认可的，又向群臣追问：
“李善长时年七十七，已是风烛残年，太祖为何认为他是大逆不道呢？”
“众卿可曾想过吗？”
群臣想说太祖就是想杀功臣，但是在皇帝面前显然不能这么说。
纷纷表示不知，对这个问题没有回答。
朱由检叹息一声，说道：
“尔等想不明白也不为异，毕竟你们都是忠臣，从未想过谋逆。”
“太祖之所以杀李善长，是因为司马懿留下的教训太深刻，不得不杀之耳。”
“李善长狐疑观望，知胡惟庸逆谋而不检举，太祖一旦生病，对他自然担心。”
“为了不给后人遗祸，只能在群臣请求下将其除去。”
“否则李善长再活二十年，焉知天下姓谁？”
群臣听到这番话，内心悚然一惊，知道是皇帝的发自肺腑之语。
这个理由其实也有人猜测过，但是从皇帝口中说出来，仍旧是让人感到深深的寒意。
谁能想到，司马懿千年前所做的事情，千年后落在了李善长身上，让他落得个被杀结局――
如果没有司马懿老年篡夺权位这件事，李善长多半不会被杀。他所犯的罪过，不一定以谋逆论罪。
但是有司马懿的前例在前，太祖不敢赌这个可能。只要太祖生病身体虚弱，就会怀疑李善长的用心。
在不确定是否能熬死李善长的情况下，太祖最好的选择，就是杀掉李善长。不让这个权位很大的功臣，影响到后续皇帝。
可以说，李善长是因司马懿而死。司马懿千年前射出的一支箭，千年后射中了这个人。
想明白这件事的群臣，兔死狐悲地同时，忍不住埋怨起千年前的司马懿――
如果不是这个人谋朝篡位，皇帝何至于要杀已经致仕的老臣。
司马懿当真是遗祸千年，到现在还在贻害世人。
――
看着群臣的脸色，朱由检知道他们有些被吓到了。所以他把自己之前设立资政院的想法，向群臣道了出来：
“朕之所以设立资政院，定下致仕年龄限制。”
“就是为了使君臣相得，避免胡乱猜忌。”
“大臣年老致仕之后，只要不胡乱插手朝政，把一些人阴谋乱政的事情检举给皇帝。”
“皇帝又怎会怀疑大臣，是否有了逆心呢？”
“资政院之设，是为了君臣互信，避免有些大臣年长又有权位，让皇帝不得不痛下决心。”
这番交心的话，让群臣仍旧感到寒意，也受到一些安慰。
诚如皇帝所说，只要致仕后不胡乱插手、知道逆谋后就检举，皇帝又何必担着杀戮老臣的名声，非得把他们杀掉呢？
尤其是一些人看着皇帝年轻的面庞，感觉更是欣慰：
纵然大明的皇帝大多不长寿，当今皇帝至少也有二十年的寿命。
他们这些老臣，大多会在皇帝年老前死去。
所以，他们可以放心地建功立业，不用担心当今皇帝会杀戮功臣。
不过，也有一些人下定决心不要恋栈权位，免得皇帝觉得自己的权力太大，在生病的时候会出于担心把自己除去。
可以说，司马懿的行为，至今仍在贻害，影响君臣间的互信。
一些人因此更加感谢诸葛亮，明白了诸葛亮为何被历朝推崇的原因――
实在是大家都期望君臣相得，不希望皇帝因为一些猜忌，就胡乱杀戮君臣。
皇帝同样期望臣子有诸葛亮的忠心，对诸葛亮最开始推崇的皇帝，就是司马懿的后人司马炎。然而司马家得国不正，最终仍旧被刘裕所篡。
大明现在是没有这种权臣的，朱由检毫无顾忌地讲解了自己的看法后，又向群臣说道：
“李善长的罪过，说谋逆有些牵强，但是谁也不能确定他是否有逆心。”
“所以他的罪行不变，仍按太祖时的审判。”
“但是他的功劳也是实实在在的，应当列入功臣庙。”
“希望他成为城隍之神见了太祖后，会向太祖忏悔。”
定下这个原则，朱由检道：
“太祖功臣、成祖功臣，和紫阁功臣按同样规格封赠。”
“李善长的后裔若成功开藩，朕许其世袭伯爵之位。”
“但是李世选排除在外，他是流放罪人。”
这个处置，让刚刚身怀戒惧的群臣，感到一阵安心。
当今皇帝还是宽洪大量的，这相当于实际赦了李善长的罪。
他们商议之下，为李善长恢复了职位爵位勋级，并且追谥襄愍，有怜悯昭雪