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南方种植园主明白，一旦奴隶制度废除，他们就得和北方竞争，支付工人高额工资，利润将大大减少。南部诸州开始退出国家联邦，这是合法的，因为建国宪法规定，各州有权退出和加入联邦。沈约认为国家分裂，极为危险，在北方议员占优的情况下，推动议会修改宪法，通过反联邦分裂法，不允许各州自由退出国家。
南方勃然大怒，立即宣布独立，推选加文为总统，与北方兵戎相见，南北战争就此爆发。南北战争爆发时，北方应占较大优势，北方工业比重占全国九成，铁路里程达九成五，南方除了棉花，什么都少。北方人口也比南方人口多，何况南方还有大量不能直接参与作战的奴隶。但南方敢于挑起内战，因为它掌握重要的战略物资棉花，加文道：
“别看小小的一根棉花，小孩都能掐断，但它可以将整个世界勒死。”南方断定，西土强国会因为棉花支持它，事实上确实如此，基利国、意志国等表示全力支持南方独立。蓝西国也不愿利坚国过于强大，所以态度暧昧，暗中支持南方。另外，大陆军中能征善战的将领多出自南方，此时南方独立，自然效忠南方。
立伯特将军是能征善战的名将，担任国家军校校长，培养了不少将领。沈约委任立伯特担任北军总司令，但立伯特谢绝：
“我出身南方，不能为北方效力，对南方挥刀。”沈约道：
“那将军能否作壁上观，南北皆不相助。”立伯特道：
“南方是我故乡，故乡召唤我，我只能选择为南方效力，维护军人荣誉，除非总统囚禁我或让我死亡。”部下纷纷劝沈约除掉或者至少拘捕立伯特。沈约道：
“立伯特人格崇高，深得南北双方敬佩，而且他担任国家军校校长，门生众多，若予以拘捕甚至杀害，必失人心军心。况且，据我所知，他也反对奴隶制度，他就解散了自家奴隶，这也是我本想委任他任北军总司令的原因之一。加文以前反对基利国统治，寻求独立，但现在已经彻底倒向基利国，寻求庇护。他积极引入基利国将官指挥作战，对我们不利。基利国军事实力很强，而我们昔日盟友蓝西国态度暧昧，没有对我们明确支持，这就需要南方拒绝基利国军事渗透，才有利于北方。若放立伯特南归，以其声望，必被委任为南军总司令。立伯特一向厌恶基利国，与基利国统帅也有世仇，可有助于抵制基利国军事介入。”众将闻之，皆表叹服。立伯特被放归南方，沈约特别派亲信沈和护送其到南北分界处，立伯特颇为感动，深表感谢。立伯特一到南方，果然立即被任命为南军总司令。
三个月后一日清晨，南军的大炮向萨姆特要塞开火了，北军运送给养的远征队眼睁睁地看着而爱莫能助。由于指挥的失误，它最具威力的一艘战舰掉转船头驶离萨姆特要塞，远在公海的其它军舰又来不及支援要塞。经过三日的炮轰，北军军队终因寡不敌众而投降，炮火摧毁了要塞的大部分。尽管在这第一次交战中双方无一人伤亡，但一场血腥的战争却由此开始了。南军占领了萨姆特要塞，南北战争正式爆发。
在许多方面，南军军队同北军一样实行充分的民主，或许比北军还多一些。这些民兵所具有的平等主义思想还要求军官不仅仅是指挥官，还应该是领头人。尽管内战期间指挥官可以待在后方指挥所，但屡建战功的指挥员都是亲临前线，而不是在后方指挥所指挥作战。
如果说在内战开始时南军陆军的备战工作好于北军的话，那么海军的情况则正相反。实际上，南军几乎没有什么海军。但是，南军也确实为海军参战搞了一些技术革新。著名的是重新改造了被缴获的“梅里麦克”号战舰，使之成了第一艘参加战斗的铁甲舰。南部还研制了各种不同的水雷，被称为鱼雷，这些水雷炸沉或炸毁了四十艘北军军舰。南军制造了若干艘“鱼雷艇”，这是些雪茄烟状的小型半潜水舰艇，载有一颗装在圆筒上的水雷，这只圆筒从船头伸向前方，攻击北军战舰。南方还制造了世界上第一艘战斗潜水艇南军“亨利”号，这只潜水艇在试制过程中曾三次潜入水底，每次都牺牲一些船员，但后来终于在查尔斯顿附近海面用鱼雷击沉了一艘北军封锁舰。南军海军最突出的战绩就是对北方商船袭击。
尽管南方做出那么多努力，南军海军在极其重要的南部沿海和江河上还是无法同北军抗衡。北军海军在内战中起了决定作用。尽管战争初期能被调动执行紧急任务的军舰为数甚少，但海军部长韦尔斯和他的精干的副部长，同乡福克斯立即租用或购买了民用船，将它们改造成战舰，并着手签订制造新舰的合同。到战争的最后一年，北军海军已从战前的四十艘战舰发展成两千艘战舰的海军。
海军的主要任务是封锁。沈约很早就宣布对南军港口实行封锁。虽然北军的封锁随着战争的进展逐月加强，但却从未完全奏效。对南部两百个装卸货物的港口和海湾都进行巡逻是难以做到的事情。但在宣布实行封锁后的第十天，海军捕获了第一艘试图突破港口封锁线的船只。在其后的三周内，所有的南部主要港口都处于北军监视中。北军执行封锁任务的军舰就有五百艘。
战争初期，由于北方的战略失误，南方占了明显优势。南方设想以闪电战夺取首都，以便争取基利国的直接支持。为此，立伯特两次率军越过波托马克河，向首都进军。
南方海军部长马洛里提出了“装甲政策”。马洛里知道南方落后的工业无法造出像北方那么多的战舰，便把目光放在西土刚刚投入使用的装甲战舰上。马洛里下令把俘获的北方快速蒸汽护卫舰“麦里梅克”号改装成装甲舰“吉尼亚”号。他还下令研制水雷、潜水艇等新式武器。为了应对南方海军咄咄逼人的攻势，北方国会通过了《暂时扩编海军法》，增加了八千名志愿海军军官，组建了四支舰队。